Durante a Segunda Guerra Mundial, Hopper deixou sua carreira acadêmica e ingressou na Marinha dos EUA, onde sua trajetória no campo da computação começou a tomar forma.

Enquanto servia na Marinha, foi enviada para a Universidade de Harvard, onde trabalhou no Mark I, o primeiro computador de grande escala dos EUA. Encantada com a máquina, Hopper não só operou o Mark I durante a guerra, mas também participou ativamente do desenvolvimento de tecnologias que seriam fundamentais para o futuro da programação.

Após a guerra, Hopper inventou o primeiro compilador, um programa que traduz instruções escritas em linguagem humana para código de máquina, facilitando assim a programação de computadores. Esta inovação levou ao desenvolvimento da Linguagem Comum Orientada para Negócios (COBOL), que revolucionou o processamento de dados empresariais e ainda é utilizada hoje.